五四运动之目的既达，北京各校的秩序均恢复，独北大因校长辞职问题又起了多少纠纷。政府曾一度任命胡次珊君继任，而为学生所反对，不能到校，各方面都要我复职。我离校时本预定决不回去，不但为校务的困难，实因校务以外，常常有许多不相干的缠绕，度一种劳而无功的生活，所以启事上有“杀君马者道旁儿，民亦劳止，汔可小休。我欲小休矣！”等语。但是隔了几个月，校中纠纷，仍在非我回校不能解决的状态，我不得已乃允回校。回校以前，先发表一文，告北大学生及全国学生联合会，告以学生救国，重在专研学术，不可常为救国运动而牺牲。到校后，在全体学生欢迎会上演说，说明德国大学学长、校长均每年一换，由教授会公举，校长且由神学、医学、法学、哲学四科之教授轮值，从未生过纠纷，完全是“教授治校”的成绩。北大此后亦当组成健全的教授会，使学校绝不因校长一人的去留而起恐慌。
那时候蒋梦麟君已允来北大共事，请他通盘计划，设立教务、总务两处，及聘任财务等委员会，均以教授为委员。请蒋君任总务长，而顾孟余君任教务长。
北大关于文学、哲学等学系，本来有若干基本委员，自从胡适之君到校后，声应气求，又引进了多数的同志，所以兴会较高一点。预定的自然科学、社会科学、文学、国学四科研究所，只有国学研究所先办起来了。在自然科学与社会科学方面，比较困难一点。自一九二〇年起，自然科学诸系请到了丁巽甫、颜任光、李润章诸君主持物理系，李仲揆君主持地质系；化学系本有王抚五、陈聘丞、丁庶为诸君，而这时候又增聘谭仲逵君。于是整理各系的实验室与图书室，使学生在教员指导之下切实用功。改造第二院礼堂与庭园，使合于讲演之用。在社会科学方面，请到王雪艇、周鲠生、皮皓白诸君。一面诚意指导，提起学生好学的精神；一面广购图书杂志，给学生以自由考察的工具。丁巽甫君以物理教授兼预科主任，提高预科程度。于是，北大始达到各系平均发展的境界。
我是素来主张男女平等的。一九二〇年，有女学生要求进校，以考期已过，姑录为旁听生。及暑假招考，就正式招收女生。有人问我：“兼收女生是新法，为什么不先请教育部核准？”我说：“教育部的大学法令，并没有专收男生的规定，从前女生不来要求，所以没有女生，现在女生来要求，而程度又够得上大学，就没有拒绝的理由。”这是男女同校的开始，后来各大学都兼收女生了。
我实佩服章实斋先生的，那时候国史馆附设在北大，我订了一个计划，分征集纂辑股。纂辑股又分通史、民国史两类，均从长编入手，并编历史辞典。聘屠敬山、张蔚西、薛阆仙、童亦韩、徐贻孙诸君，分任征集编纂等务。后来政府忽又有国史馆独立之一案，别行组织，于是张君所编的民国史，薛、童、徐诸君所编的辞典，均因篇幅无多，视同废纸。只有屠君在馆中仍编他的蒙兀儿史，躬身保存，没有散失。
我本来很注意于美育的，北大有美术史教课，除中国美术史由叶浩吾君讲授外，没有人肯讲美学。一九二一年，我讲了十余次，因足疾进医院停止。至于美育的设备，曾设书法研究会，请沈尹默、马叔平诸君主持；设书画研究会，请贺履之、汤定之诸君教授国画，比国楷次君教授油画；设音乐研究会，请萧友梅诸君主持；均听学生自由选习。
我在爱国学社时，曾断发而习兵操，对于北大学生之愿受军事训练，常特别助成，曾集这些学生编成学生军，聘白雄远君任教练之责，亦请蒋百里、黄膺白诸君到场演讲。白君勤恳而有恒，历十年如一日，实为难得的军人。
我在一九二〇年冬曾往欧美考察高等教育状况，历一年回来，这时校长的任务由总务长蒋君代理。回国后，看北京政府的情形日坏一日，我处在与政府常有接触的地位，日想脱离。一九二二年冬，财政总长罗钧任君忽以金佛郎问题被逮。释放后，又因教育总长彭允彝君提议，重复收禁。我对彭君此举，在公议上，是蹂躏人权、献媚军阀的勾当；在私情上，罗君是我在北大的同事，而且于考察教育时，为最密切的同伴，他的操守为我所深信，不免大抱不平。与汤尔和、邵飘萍、蒋梦麟诸君会商，均认有表示的必要。我于是一面递辞呈，一面离京。隔了几月，贿选总统的布置渐渐实现，而要求我回校的代表还是不绝，我遂于一九二三年七月间重往欧洲，表示决心。至一九二六年，始回国，那时京津间适有战争，不能回校一看。一九二七年，国府成立，我在大学院试行大学区制，以北大划入北平大学区范围，于是我的北京大学校长的名义始得取消。
综计我居北京大学校长的名义，十年有半，而实际在校办事，不过五年有半。一经回忆，不胜惶悚。
【三、我在教育界的经验】
我自六岁至十七岁，均受教育于私塾，而十八岁至十九岁，即充塾师（一八八四年及一八八五年），二十八岁又在李莼客先生京寓中充塾师半年（一八九四年），所教的学生，自六岁至二十余岁不等。教课是练习国文，并没有数学与其他科学。教国文的方法，有两件是与现在的教授法相近的：一是对课，二是作八股文。对课与现在的造句法相近，大约由一字到四字，先生出上联，学生想出下联来。不但名词要对名词，静词要对静词，动词要对动词，而且每一种词里面，又要取其品性相近的。例如先生出一山字是名词，就要用海字或水字来对他，因为都是地理的名词。又如出桃红二字，就要用柳绿或薇紫等词来对他，第一字都用植物的名词，第二字都用颜色的静词，别的可以类推。这一种功课，不但是作文的开始，也是作诗的基础。所以对到四字课的时候，先生还要用圈发的法子指示平仄的相对，平声字在左下角，上声在左上角，去声右上角，入声右下角。学生作对子时，最好用平声对仄声，仄声对平声（仄声包上、去、入三声）。等到四字对作得合格了，就可以学五言诗，不要再作对子了。
八股文的作法，先作破题，止两句，把题目的大意说一说；破题作得合格了，乃试作承题，约四五句；承题作得合格了，乃试作起讲，大约十余句；起讲作得合格了，乃试全篇。全篇的作法，是起讲后先作领题，其后分作八股（六股亦可），每两股都是相对的，最后作一结论。由简而繁，确是一种学作文的方法。但起讲、承题、破题都是作全篇的雏形，那时候作承题时仍有破题，作起讲时仍有破题、承题，作全篇时仍有破题、承题、起讲，实在是重床叠架了。
我三十二岁（一八九八年）九月间自北京回绍兴，任中西学堂监督，这是我服务于新式学校的开始。这个学堂是用绍兴公款设立的，依学生程度分三斋，略如今日高小、初中、高中的一年级。今之北京大学校长蒋梦麟君、北大地质学教授王烈君，都是那时候第一斋的小学生，而现任中央研究院秘书的马禩光君、任浙江教育厅科员的沈光烈君，均是那时候第三斋的高才生。外国语原有英、法二种，我到校后又增日本文。教员中授哲学、文学、史学的有马湄纯、薛阆轩、马水臣诸君，授数学及理科的有杜亚泉、寿孝天诸君，主持训育的有胡钟生君，在当时的绍兴可为极一时之选。但教员中颇有新旧派别，新一点的笃信进化论，对于旧日尊君卑民、重男轻女的旧习随时有所纠正，旧一点的不以为然。后来旧的运动校董，出而干涉，我遂辞职（一八九九年）。
我三十五岁（一九〇一年）任南洋公学特班教习，那时候南洋公学还只有小学、中学的学生，因沈子培监督之提议，招特班生四十人，都是擅长古文的。拟授以外国语及经世之学，备将来经济特科之选。我充教授，而江西赵仲宜君、浙江王星垣君，相继为学监。学生自由读书，写日记送我批改。学生除在中学插班，习英文外，有学习日本文的，我不能说日语，但能看书，即用我的看书法教他们，他们就试译书。每月课文一次，也由我评改。四十人中以邵闻泰（今名力子）、洪允祥、王世徵、胡仁源、殷祖同、谢沈（今名无量）、李叔同（今出家，号弘一）、黄炎培、项骧、贝寿同诸君为高才生。
我三十六岁（一九〇二年），南洋公学学生全体退学，其一部分借中国教育会之助，自组爱国学社，我亦离公学为学社教员。那时候同任教员的吴稚晖、章太炎诸君，都喜言革命，并在张园开演说会，凡是来会演说的人，都是讲“排满”革命的。我在南洋公学时，所评改之日记及月课，本已倾向于民权、女权的提倡，及到学社，受激烈环境的影响，遂亦公言革命无所忌。何海樵君自东京来，介绍我宣誓入同盟会，又介绍我入一学习炸弹制造的小组（此小组本止六人，海樵与杨笃生、苏凤初诸君均在内）。那时候学社中师生的界限很宽，程度较高的学生一方面受教，一方面即任低级生的教员。教员热心的，一方面授课，一方面与学生同受军事训练。社中军事训练初由何海樵、山渔昆弟担任，后来南京陆师学堂退学生来社，他们的领袖章行严、林力山二君助何君。我亦断发短装与诸社员同练步伐，至我离学社始已。
爱国学社未成立以前，我与蒋观云、乌目山僧、林少泉（后改名白水）、陈梦坡、吴彦复诸君组织一女学，命名“爱国”。初由蒋君管理，蒋君游日本，我管理。初办时，学生很少，爱国学社成立后，社员家中的妇女均进爱国女学，学生骤增。尽义务的教员，在数理方面有王小徐、严练如、钟宪鬯、虞和钦诸君，在文史方面有叶浩吾、蒋竹庄诸君。一年后，我离爱国女学。